A finales del siglo XIX se inició con una profunda transformación social y económica y una sangrienta guerra civil: la guerra de los Mil días (1899 - 1902) que tuvo graves implicaciones.
Este enfrentamiento generado durante el período de la Regeneración se dio por varias causas como fueron la restricción de derechos y garantías individuales alcanzadas por el liberalismo, la censura de prensa, la marginación de los liberales de participar en el gobierno y la implantación de la pena de muerte para algunos líderes liberales.
Las acciones de esta guerra civil llevaron a un sangriento y cruel enfrentamiento cuyos núcleos básicos se centraron en Santander, Tolima, Magdalena y el Occidente de Cundinamarca, lo que llevó en el proceso de la contienda a que las guerrillas liberales cobraran fuerza en el centro del país. Las bajas de liberales y conservadores fueron muy altas, lo que representó para el país más de 100.000 pérdidas en vidas humanas en tres años de lucha. Los insurgentes que marcharon a la guerra no estaban preparados.
La prolongación del conflicto que duró tres años, llevó no solo a pérdidas humanas, sino a la baja de moral, la paralización económica, la corrupción dentro del ejército y a una crisis política. Con las batallas de Peralonso y de Palonegro, en Santander, se evidencia la realidad de los perjuicios que había causado esta guerra para el país. En la batalla de Peralonso los liberales, dirigidos por Rafael Uribe Uribe, obtendrían su última victoria, mientras que en la batalla de Palonegro el 25 de mayo de 1900, los conservadores salen vencedores, destruyendo el sueño liberal, quienes ya no pudieron organizar sus filas, prosiguiendo así su lucha a través de la organización de grupos guerrilleros, contando con hombres de baja condición social, comerciantes o empleados que en su mayoría fueron desposeídos de todos sus bienes.
En esta lucha se destacó la participación activa de las mujeres en acciones como: la circulación de información, la asistencia y curación a los enfermos, la preparación de alimentos o actuando en muchos casos directamente en el campo de batalla. Aunque la victoria la obtuvieron los conservadores, toda la nación perdió ante el alto número de víctimas, los costos ocasionados por la contienda, el abandono del campo, el cese de actividades normales que aportaban al desarrollo incipiente del país, fueron algunos de sus efectos.
Consecuencias de la guerra de los Mil Días
Económicas: El financiamiento de la guerra fue altamente oneroso, por los costos que implicó y la aprobación del gobierno de emisión de dinero para auxiliar los gastos de guerra. En dos años se habían emitido más de 1.000 millones de pesos lo que encareció los víveres y los artículos de primera necesidad. Muchas fábricas de manufacturas al igual que la industria textil se paralizaron y limitaron sus actividades de producción, por lo cual no fue fácil iniciar la reconstrucción de la economía después de la guerra.
A los costos y efectos de la guerra, se sumó el descenso de los precios del café, renglón especialmente afectado, ya que las regiones de Cundinamarca y Santanderes que a fines del siglo XIX tenían una buena producción fueron los escenarios de la guerra. Además, la comercialización se limitó por la interrupción del transporte y el encarecimiento de los fletes. Este hecho fue uno de los factores para que la economía cafetera se desplazara hacia Antioquia, Caldas y Valle del Cauca. A esta crisis cafetera, se sumó la fuerte depresión del sector externo, que había iniciado antes de los enfrentamientos de la guerra y que fue ocasionada por la disminución en el precio de las exportaciones.
Esta realidad arrasó con las finanzas del Estado que dependían en su mayor parte de los ingresos aduaneros, por lo tanto la situación fiscal llegó a unos de los estados más bajos registrados en la historia económica del país.
Políticas: Después de la guerra algunos sectores del partido conservador intentaron buscar un punto de equilibrio que tuviera en cuenta al partido liberal en la administración de país. Así, desde 1903 se propuso en el Congreso la idea de una ley que permitiera la participación liberal en todos los entes del gobierno. Sin embargo un buen sector de los conservadores rechazó dicha proposición. Sólo hasta el gobierno de Rafael Reyes (1904 – 1909), se logró la aprobación de la ley que establecía la elección obligatoria de un tercio de los cargos de representación en el Estado para el partido liberal, coalición bipartidista que continuo vigente durante el gobierno de Carlos E. Restrepo y se establece como una de la reformas constitucionales en 1910.
Sociales: Si entre las elites de los partidos se logró constituir algunos acercamientos políticos, entre la población en general, especialmente en el sector rural se incrementó el odio y el rencor por el partido contrario, puesto que se presenta la lealtad y el fanatismo hacia el propio partido político. Es decir, la violencia continuó después de la guerra a nivel local, con una mayor presencia durante los periodos de elecciones.
Al mismo tiempo, regiones como los Santanderes que fueron fuertemente golpeadas por la guerra entran en una decadencia económica que desestabilizan la organización social del país y se convierten en escenarios de violencia que dan origen a la conformación de las guerrillas liberales.
De igual forma, la guerra trae consigo la movilización de grandes cantidades de población a diferentes regiones del país. Muchos habitantes con el afán de huir de la guerra se establecen en espacios poco habitados con el fin de lograr seguridad y dar paso a una nueva frontera agrícola. Es así como con la guerra se cambia la distribución poblacional del país.
Por otro lado, la guerra de los Mil Días, dejo como consecuencia el fortalecimiento de las diferencias entre los partidos liberal y conservador, demarcando el mapa político de Colombia que se mantuvo con pocas modificaciones a lo largo del siglo XX.
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